Hệ thống tài khoản kế toán xuất nhập khẩu rất đa dạng và phong phú tùy theo từng nhiệm vụ được giao. Những tài khoản kế toán xuất nhập khẩu dưới đây thường hay được sử dụng nhất:
+ Tài khoản 157 “Hàng gửi đi bán”: Tài khoản kế toán xuất nhập khẩu này dùng để ghi chép, phản ánh trị giá hàng hoá gửi đi xuất khẩu, chưa được xác định là tiêu thụ.
+ Tài khoản 156 “Hàng hoá”: Tài khoản này dùng để ghi chép, phản ánh trị giá hàng xuất kho chuyển đi xuất khẩu.
+ Tài khoản 632 “Giá vốn hàng bán”: Tài khoản này dùng để phản ánh trị giá vốn của hàng xuất khẩu đã được xác định là tiêu thụ trong kỳ.
+ Tài khoản này không có số dư và có thể mở chi tiết theo từng mặt hàng, từng thương vụ… tuỳ theo yêu cầu cung cấp thông tin và trình độ cán bộ kế toán cũng như phương tiện tính toán của từng doanh nghiệp.
+ Tài khoản 511 “Doanh thu bán hàng và cung cấp dịch vụ”: Tài khoản này dùng để ghi chép, phản ánh doanh thu hàng xuất khẩu. Tài khoản này có thể mở chi tiết theo từng loại doanh thu tuỳ theo phương thức xuất khẩu như: doanh thu xuất khẩu trực tiếp, doanh thu xuất khẩu uỷ thác, doanh thu dịch vụ xuất khẩu…
+ Tài khoản 131 “Phải thu của khách hàng”: Tài khoản này dùng để phản ánh tình hình thanh toán tiền hàng xuất khẩu của nhà nhập khẩu nước ngoài.
+ Các tài khoản này có kết cấu và nội dung phản ánh giống như đối với các doanh nghiệp thương mại nội địa, đã trình bày ở nghiệp vụ bán hàng trong nước ở trên.
+ Ngoài ra, kế toán xuất khẩu trực tiếp hàng hoá trong các doanh nghiệp thương mại còn sử dụng một số tài khoản khác như: 111, 112, 333, 635, 515, 007, 413…